
Médicos que recebem de várias clínicas: como organizar seus rendimentos no CNPJ e pagar menos imposto
Médicos que recebem de várias clínicas: como organizar seus rendimentos no CNPJ e pagar menos imposto
A atuação como médico PJ se tornou comum entre profissionais que trabalham em mais de uma clínica ou hospital. Essa forma de atuação permite mais flexibilidade e pode aumentar significativamente os rendimentos mensais. Mas com ela também surgem dúvidas importantes:
“Como emitir as notas corretamente?”,
“É melhor Simples Nacional ou Lucro Presumido?”,
“Dá pra pagar menos imposto com vários contratantes?”
A resposta é: sim, dá. Mas isso exige organização, estratégia e uma contabilidade que conheça a rotina médica.
Neste artigo, vamos mostrar como você pode estruturar seus rendimentos de forma segura e econômica, sem abrir mão da regularidade fiscal e jurídica.

Por que médicos que atendem em várias clínicas pagam mais imposto do que deveriam
É comum encontrar médicos PJ que recebem pagamentos de 3, 5 ou até 10 clínicas diferentes — mas emitem uma nota genérica, sem controle, e deixam a contabilidade “se virar” com isso.
O problema é que esse tipo de desorganização afeta diretamente o cálculo dos tributos. Sem um controle claro sobre quem está pagando, quanto, e quando, a empresa médica perde a chance de:
Usar o Fator R corretamente para reduzir alíquota no Simples Nacional
Manter a contabilidade alinhada com a movimentação real da empresa
Justificar os rendimentos na hora de declarar o IRPF
Provar regularidade fiscal em financiamentos, viagens, investimentos
No fim, o médico acaba pagando mais imposto do que deveria — e ainda corre risco com a Receita Federal.
Como organizar seus rendimentos de forma simples e segura
O segredo está em estruturar os recebimentos com clareza, separando cada fonte de pagamento e fazendo uma gestão ativa da empresa médica.
Veja os passos principais:
1. Emita uma nota fiscal para cada clínica
Cada fonte pagadora deve receber uma nota fiscal separada. Mesmo que você atenda em várias no mesmo mês, o ideal é que cada CNPJ contratante tenha sua própria nota. Isso facilita o controle, ajuda na contabilidade e reduz o risco de erro tributário.
2. Use uma conta bancária só para o CNPJ
Não misture as entradas da empresa com gastos pessoais. Ter uma conta PJ separada é o primeiro passo para manter a empresa organizada, evitar malha fina e comprovar movimentação real da empresa.
3. Retire seu dinheiro de forma estratégica
Combine pró-labore (com INSS) com distribuição de lucros (isenta de imposto). Isso permite que você tenha aposentadoria e benefícios, sem pagar mais imposto do que o necessário.
4. Mantenha um relatório mensal de receitas por clínica
Com isso, é possível analisar quais clínicas são mais rentáveis, quais têm atrasos, e como está a evolução do seu faturamento. Também facilita o trabalho do contador e a sua própria tomada de decisões.

Como pagar menos imposto atendendo várias clínicas
Se você já tem um CNPJ ativo, mas sente que está “pagando imposto demais”, o problema pode estar no regime tributário ou na falta de planejamento.
Muitos médicos são enquadrados no Simples Nacional, mas não sabem que:
É possível mudar de anexo dentro do Simples e pagar menos
O Fator R pode reduzir a alíquota de 15% para até 6%
Profissionais que pagam folha de pagamento (mesmo que só o próprio pró-labore) podem aproveitar vantagens legais
Outros médicos poderiam pagar menos se estivessem no Lucro Presumido — mas continuam no Simples Nacional porque ninguém explicou como calcular corretamente.
Cada caso exige simulação. Só com os dados corretos da sua atuação (número de clínicas, valores mensais, despesas operacionais) é possível definir a melhor estratégia tributária.
Evite os erros mais comuns de médicos PJ
Alguns erros se repetem entre profissionais da saúde que atuam como pessoa jurídica, principalmente quando têm múltiplos contratantes:
Emitir uma única nota genérica para vários pagamentos
Misturar movimentações pessoais e empresariais
Retirar todo o valor como pró-labore (e pagar muito mais imposto)
Não ter escrituração contábil ativa (e perder o direito à isenção de lucros)
Tentar “economizar” não tendo contador — e acabar pagando caro com multas e juros
Organizar seus rendimentos não é só uma questão de burocracia: é o que separa o médico PJ que fatura bem do médico que realmente lucra bem.

Conclusão: quanto mais clínicas, maior deve ser sua organização
Atender várias clínicas é uma excelente forma de escalar sua renda. Mas sem organização fiscal, essa vantagem vira um problema.
Com a estrutura certa — notas bem emitidas, regime tributário adequado, contabilidade ativa e controle dos rendimentos — você consegue:
Reduzir sua carga tributária
Ter segurança jurídica
Garantir isenção sobre lucros
Melhorar sua organização financeira como profissional
Se você já é médico PJ e atende em várias clínicas, organizar seus rendimentos com estratégia é essencial para pagar menos imposto e atuar com segurança.
E se você ainda não tem CNPJ, esse é o momento certo para abrir sua empresa da forma correta — com o regime tributário ideal, suporte contábil especializado e sem complicações.
O PJ Médicos cuida de tudo para você: abertura da empresa, emissão de notas, apuração de impostos e planejamento financeiro personalizado para sua rotina médica.
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